在使用Innodb引擎时将要面对两种表空间的管理选择的问题，Innodb有两种管理表空间的方法：
1． 共享表空间（也可以拆分成多个小的表空间）
2． 独立表空间每一个表有一个独立的表空间。
我个人推荐使用独立表空间。在性能和运维上独立表空间比共享的表空间有很多优势。下面我将分别说明一下两种表空间管理的特点。
共享表空间：
优点：
可以放表空间分成多个文件存放到各个磁盘上（表空间文件大小不受表大小的限制，如一个表可以分布在不同步的文件上）。数据和文件放在一起方便管理。
缺点：
所有的数据和索引存放到一个文件中以为着将有一个很常大的文件，虽然可以把一个大文件分成多个小文件，但是多个表及索引在表空间中混合存储，这样对于一个表做了大量删除操作后表空间中将会有大量的空隙，特别是对于统计分析，日值系统这类应用最不适合用共享表空间。
我们知道共享表空间管理会出现表空间分配后不能回缩的问题，当出现临时建索引或是创建一个临时表的操作表空间扩大后，就是删除相关的表也没办法回缩那部分空间了。我们存在磁盘监控时，也许就报警不断了，但实际上MySQL还可以运行良好。另外，当磁盘上占用较多时性能也不是太好。
这种情况处理只能是是建一个新的Slave从主库上Dump出来，然后在Dump到从库中，动作较大。
对于InnoDB Hot Backup备份的操作（或是直接冷备），每次需要CP的文件比较大。如果现在有180G的表空间，但实际数据只有50多G，那么我们将面对每次需要拷180G的数据。
这种方式也许mysqldump是一个好的处理方式了。
独立表空间：
在配置文件（my.cnf）中设置： innodb_file_per_table
优点：
1． 每个表都有自已独立的表空间。
2． 每个表的数据和索引都会存在自已的表空间中。
3． 可以实现单表在不同的数据库中移动。
4． 空间可以回收（除drop table操作处，表空不能自已回收）
a) Drop table操作自动回收表空间，如果对于统计分析或是日值表，删除大量数据后可以通过:alter table TableName engine=innodb;回缩不用的空间。
b) 对于使innodb-plugin的Innodb使用turncate table也会使空间收缩。
c) 对于使用独立表空间的表，不管怎么删除，表空间的碎片不会太严重的影响性能，而且还有机会处理。
缺点：
单表增加过大，如超过100个G。
对于单表增长过大的问题，如果使用共享表空间可以把文件分开，但有同样有一个问题，如果访问的范围过大同样会访问多个文件，一样会比较慢。对于独立表空间也有一个解决办法是：使用分区表，也可以把那个大的表空间移动到别的空间上然后做一个连接。其实从性能上出发，当一个表超过100个G有可能响应也是较慢了，对于独立表空间还容易发现问题早做处理。
备份：
InnoDB Hot Backup（冷备）的表空间cp不会面对很多无用的copy了。而且利用innodb hot backup及表空间的管理命令可以实现单现移动。
监控：
可以更好从系统上监控数据的大小，每个表的大小。
另外推荐使用独立表空间的原因：
从性能上对比共享表空间和独立表空间：
共享表空间在Insert操作上少有优势。其它都没独立表空间表现好。这里也有一个TIPS当启用独立表空间时，请合理调整一下：innodb_open_files 。
从Linux系统处理上出发：
文件系统fsync一大片更新数据，对系统io冲击较大。若分隔成多个小数据fsync，能够减少对读的影响。 同时从mysql代码，发现mysql保证两次fsync之间至少有20ms的sleep，这样的话，若将一次fsync变成多次小数据操作，应该能够减少慢查询的比例。所以对于大量更新操作的系统不太适合用共享表空间。