htaccess二级目录重写找不到路径

首先申明一下：使用.htaccess文件，会降低httpd服务器的一点性能.h
我们一般会把客户的网站放在自己的网站的目录下面，
比如FTP：/home/ftp/www，
有一个网站http://www.example.com，
那么新建一个网站的目录为http://www.example.com/newsite/，
我们这个项目是使用qeephp开发的，使用qeephp的路由重写功能，在把网站上传到服务器上，
使用了虚拟目录Alias，因为不想看到类似http://www.example.com/newsite/public/这样的路径，
于是外部访问地址是http://www.example.com/newsite,
在我启用了qeephp的rewrite时，一直说找不到路径，/home/ftp/www/newsite/,很奇怪。
仔细阅读htaccess的文档，发现有一个BaseDir参数
在htaccess 中添加

RewriteEngine on
RewriteBase /twosisters
 
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -s [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -l [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^.*$ - [NC,L]
RewriteRule ^.*$ index.php [NC,L]

问题就解决.
估计把index.php改成绝对路径也没有问题。