在MySQL中，是允许存在多个 my.cnf 配置文件的，有的能对整个系统环境产生影响，例如：/etc/my.cnf。有的则只能影响个别用户，例如：~/.my.cnf。
MySQL读取各个my.cnf配置文件的先后顺序是：
/etc/my.cnf
/etc/mysql/my.cnf
/usr/local/mysql/etc/my.cnf
~/.my.cnf
其他自定义路径下的my.cnf，例如：/data/mysql/yejr_3306/my.cnf
不管是mysqld服务器端程序，还是mysql客户端程序，都可以采用下面两个参数来自行指定要读取的配置文件路径：
-defaults-file=#， 只读取指定的文件（不再读取其他配置文件）
-defaults-extra-file=#， 从其他优先级更高的配置文件中读取全局配置后，再读取指定的配置文件（有些选项可以覆盖掉全局配置从的设定值）
因此，可以看到，如果你修改的是非“著名”目录下的 my.cnf，有可能看起来是不生效的，需要自行指定，或者统一放在 /etc/my.cnf 下，采用多实例的方式来管理即可。