表的结构：
对于MySQL把有的存储引擎都是把表结构的定义存放到.frm文件中。但对于Innodb表同时有一个内部的字典存放到表空间中。所以对于Innodb表不能单纯的移动.frm在不同的MySQL事例下。对于Innodb引擎的表，如果MySQL 删除相应的表或数据库，同时会删除相应的.frm及在表空间的相应的字典信息。在.frm文件只是用来定义表的结构，Innodb把数据和索引都存放到了表空间中。
聚集索引和次要索引：
每一个Innodb表都有一个聚集索引，这个聚信索引和行数据存在一起。
可以用来做聚集索引的列：
如果有声明了主建(primary key)，则这个列可以做为表的主建。 如果没有声明主建，MySQL会用一个唯一索引(UNIQUE)而且是不为空的列做为主建，成为该表的聚信索引。 如果没声明主建，同时也没合适的唯一的索引，Innodb内部会产生一个隐藏的聚集索引:RowID。这个RowID在Innodb的多版本中曾提到过。这个RowID是在插入时产生，并且是自增的增加。所以也是按顺序增长存放。由于聚集索引和行数据存放一起(在同一个数据页中)，所以利用聚集索引访问数据行时，非常的快，同一个数据页在访问索引时，已经把页加载到Buffer中，在访问数据时，等于了一个顺序IO的访问（内存中完成）。大多数情况下索引和数据都不在一块（MyISAM，数据和索引存到不同的文件中），而聚集索引是有结构的通常是按顺序存放，同时和数据存放在一起，利用索引索引访问大表的数据可以节省许多IO。
对于Innodb次要的索引会包含聚信索引，查询在使用次要索引时，找到聚集索引信息，然后利用聚集索引信息访问行。所以，如果聚集索引过长，会造成空间浪费严重。另外，如果对表或是区间进行Count操作的话，大多数情况较短的次要索引比基于聚集索引快。对于Innodb的聚集索引选择，尽量选择比较短的列做为聚集索引列，是一个好的设计习惯。
索引的物理结构：
Innodb的索引以B-tree的形式存到各个叶点上。索引叶点页的大小默认为16K，当有什么的索引插入叶点时，该叶点至少会保留1/16的空闲空间，用于将来该叶点的索引更新或是插入。
对于顺序写入的索引（无论是递增或是递减，顺序的就行），索引叶点可以达到15/16满。如果是随机的索引写入行为，叶点只会达到1/2到15/16满。当叶点填充在1/2以下满，或是被删除到1/2下满时，Innodb会缩短索引树，试图释放该叶点，该叶点可以被继续写入数据。
设计中的Tips：
因为Innodb表的数据是依赖于聚集索引顺序存放，同时聚集索引和数据一块存储，普通索引也需要存放一份聚集索引。所以对于聚集索引的设计尽量按顺序写入，必免数据分页，行迁移等对性能影响的现象。另外聚集索引要设计的尽可能短。从设计上必须锁的时间，大量随机IO的出现。
如对于监控（或是股票类的信息）可以利用时间和类型构成聚集索引，让相关性高的数据尽可能位到一块。以便读取时可以利用顺序IO读取到相应的数据。最好的情况，相关性高的数据在一个Page上，这样读取的效果更好。基于Innodb聚集索引的特性，在设计上也需要考虑利用一下优势，必免其不好的一方面从而达到最佳性能。